我が国の国際的な競技水準の向上及びスポーツの裾野の拡大のため、政府は平成２年度補正予算から２５０億円を出資し、当センターの前身である日本体育・学校健康センターに「スポーツ振興基金」を設置しました。
これに、民間からの寄附金約４４億円を合わせて基金の拡充を図り、合計約２９４億円を原資に、その運用益等により助成金の交付を行っています。

スポーツ振興基金助成には、以下の4つの助成活動があります。

スポーツ団体選手強化活動助成

スポーツ団体が競技ごとの強化拠点等で、計画的かつ継続的に行う選手強化活動に対して助成を行うことにより、競技水準の向上を図ることを目的とします。

スポーツ団体大会開催助成

スポーツ団体が行う国際的又は全国的な規模のスポーツの競技会、研究集会又は講習会の開催に対して助成を行うことにより、その円滑な開催を図ることを目的とします。

選手・指導者スポーツ活動助成

優秀な選手・指導者が行う各種の活動に対して助成を行うことにより、安んじてスポーツ活動に打ち込めるようにすることを目的とします。

国際的に卓越したスポーツ活動助成

国際的に卓越したスポーツの活動を行う計画を有する者が行うその活動に対して助成を行うことにより、その円滑な実施を図ることを目的とします。